中台禅寺は仏教制度に従い、「身和同住(しんわどうじゅう)、口和無諍(こうわむそう)、意和同悅(いわどうえつ)、戒和同修(かいわどうしゅう)、見けん和わ同どう解かい、利り和わ同どう均きん」という「六和敬(ろくわけい)」を宗旨として、組織と制度を設けている完全な僧団です。
中台禅寺は小さな社会のようなもので、分業協力、自給自足の生活をしており、これら生活上の鍛鍊を通して、「行もまた禅、坐もまた禅、語黙動静体安然」という禅門の宗風を実践しています。常住単位には寺務処、法務組、応接室、書記室、文教センター、図書館、文物展示センター、情報処理センター、調理場、食堂、野菜園、衣服製作室、洗濯部、工務所、設計組、庭園組、リサイクル組、安全組、交通組、車輌修繕組、総務組、法務用具倉庫、工具倉庫、日用倉庫、寝具倉庫などがあります。
中台男子仏教学院と中台女子仏教学院があり、それぞれ大学院、大学部が設けられています。
